Een metapopulatie is een verzameling van afzonderlijke populaties die met elkaar verbonden zijn door migratie. Het is een populatie-ecologisch model dat de dynamiek van populaties in verschillende habitats beschrijft. Het model stelt dat de populaties in elke habitat afzonderlijk evolueren, maar dat er ook migratie plaatsvindt tussen de habitats, waardoor er een soort netwerk ontstaat. De metapopulatie-theorie stelt dat deze migratie een belangrijke rol speelt bij het bepalen van de dynamiek van de populaties.